О ранней истории села мало что известно. Первопоселенцами были мезенские мещане, возможно, это семья Кыркаловых. В книге Н.А. Окладникова отмечено: "В 1859 году в поселении Хобейковском, на месте которого в последующем возникла деревня, а позднее село Нижняя Пеша, было 3 двора, в них проживало 56 человек, из них 13 мужского и 43 женского пола". Занятия жителей села не отличались от других населённых пунктов Канинской тундры. Они держали коров, лошадей, овец и оленей, охотились, вывозили навагу с берегов Чешской губы в Мезень. Главным источником доходов были рыбный и морской промыслы.
В 1929 году с созданием Ненецкого национального округа Нижняя Пеша стала центром Канино-Тиманского района. Во время Великой Отечественной войны здесь формировался второй оленетранспортный эшелон. С упразднением районного деления в 1959 году сюда переехало правление Пешского сельского совета. В это время в селе проживало более 1300 человек. В 1960 году Нижняя Пеша стала базой колхоза "Путь к коммунизму", который объединил хозяйства Нижней и Верхней Пеши, Волоковой, Волонги и Великой. Позднее преемником колхоза стал СПК РК «Заполярье».